Phương án phải đảm bảo khoảng cách an toàn và hạn chế tối đa ảnh hưởng đến các công trình hiện trạng trên tuyến, các công trình dự kiến triển khai trong thời gian tới như không gian ngầm công viên 23/9, khu vực Nhà Rồng - Khánh Hội, các cây cầu...
Đối với khu vực Nhà Rồng - Khánh Hội, các đơn vị cần nghiên cứu phương án bố trí đoạn tuyến đi ngầm qua khu vực này. Đồng thời bố trí điểm chuyển tiếp từ đoạn tuyến đi ngầm lên đoạn tuyến đi trên mặt đất tại khu vực đường Nguyễn Văn Linh, kết hợp bố trí nhà ga phù hợp.
Tuyến đường sắt Bến Thành - Cần Giờ có chiều dài 54 km, vận tốc tối đa 350 km/h, Do Công ty Đầu tư và Phát triển đường sắt cao tốc Vinspeed làm nhà đầu tư.
Điểm đầu dự án tại khu vực Bến Thành, sau đó tuyến chạy dọc khu vực công viên song song đường Lê Lai, chuyển hướng tại đường Nguyễn Thái Học để đi theo trục Ký Con và vượt qua rạch Bến Nghé.
Sau khi vượt qua rạch Bến Nghé, tuyến chuyển hướng Đông Bắc đi vào đường Hoàng Diệu, đến khu vực giao với đường Nguyễn Tất Thành chuyển hướng Đông Nam bám sát hành lang đường Đoàn Như Hài.
Tuyến đi thẳng qua khu vực cảng Nhà Rồng đến gần khu vực cầu Tân Thuận 2, sau đó chuyển hướng Đông Nam sang đường Nguyễn Văn Linh qua nút giao với đường Nguyễn Thị Thập sang địa phận phường Tân Mỹ, vượt sông Soài Rạp, chạy dọc theo đường Rừng Sác. Điểm cuối tại siêu đô thị Vinhomes Green Paradise Cần Giờ, TP.HCM.
Khi vận hành thương mại, dự kiến vào quý 4/2028, tuyến đường sắt Bến Thành - Cần Giờ sẽ mở ra kỷ nguyên mới cho hạ tầng đường sắt quốc gia, thúc đẩy phát triển thương mại, du lịch, bất động sản, đặc biệt là kinh tế biển cho TP.HCM và cả khu vực Đông Nam Bộ.